にんじんの起源はアフガニスタンのヒマラヤ･ヒンズークシ山嶺と言われ、この地域にあった赤や濃紫色のタイプと淡黄色や淡橙黄色のタイプ2種類のうち、前者が東洋へ伝わって東洋系品種となり、後者がヨーロッパに広まって西洋系品種の元になったと言われています。

日本ではまず中国から東洋系品種が伝わり、明治時代から欧州系品種が導入されて品種改良されたという歴史があります。東洋系品種は細長く肉質が締まってにんじん臭がないという特徴がありますが、収穫量が少ないことや季節を選ぶため、土地を選ばずに栽培できて1年中収穫できる、太く短く肉質のやわらかい欧州系へと改良されてきました。

なお、「にんじん」という名前は、形や薬効がある点で似ているため朝鮮にんじんから取られましたが、薬用ともいわれる朝鮮にんじんはウコギ科の植物であり、まったく別物です。